В связи с распадом СССР в стране стали происходить коренные перемены. Замалчиваемые прежде проблемы, в том числе и межнационального характера, стали лихорадить государство. Погромы армян в Сумгаите, Кировабаде, Баку и других регионах Азербайджана, проверка паспортного режима и депортация армянского населения Северного Карабаха, бездеятельность власти привели к открытому вооруженному противостоянию двух народов. Землетрясение в Армении в декабре 1988 года и блокада Армении и Карабаха со стороны Азербайджана и Турции стали и фоном, и толчком для самоорганизации армян в целом по России, и, в частности, на Кубани.

В конце 1987 г. в ряде населенных пунктов Краснодарского края возникли движения, которые в последующем стали ядром официально зарегистрированных армянских общин. Созданные для решения проблем национально-культурного характера, именно эти структурные образования принимали первых беженцев и пострадавших от землетрясения и оказывали им помощь. 24 апреля 1989 г. было образовано Краснодарское городское общество армянской культуры им. М. Маштоца. Такого же рода организации появились и в других городах и районах края. Они создавали классы и факультативы по изучению армянского языка, культуры и истории, продолжая оказывать помощь беженцам в их размещении и трудоустройстве, решении насущных проблем.

С целью оказания организованной помощи и координации деятельности общин в 1991 г. в Краснодаре был создан Координационный совет армянских общественных организаций Краснодарского края, его первым руководителем стал доктор физико-математических наук, профессор Рубен Завенович Камалян.

Летом 1999 г. Координационный совет был реорганизован в Ассоциацию армянских общественных организаций Краснодарского края, председателем которой стал краснодарский врач Мартирос Мовсесович Оганисян.

В 2000 г. в Москве был создан Союз армян России и начались работы по созданию регионального отделения организации в Краснодарском крае. 25 января 2002 г. в Краснодаре состоялась учредительная конференция Регионального отделения Общероссийской общественной организации «Союз Армян России» Краснодарского края. Председателем отделения был избран краснодарский предприниматель Наири Паруйрович Оганисян.

На сегодняшний день в состав регионального отделения организации входят более сорока местных отделений. Местные отделения по территориальному принципу сгруппированы на пять округов, возглавляемых заместителями председателя по округам.

В декабре 2020 года председателем РО ООО САР Краснодарского края был единогласно избран общественно-политический деятель и меценат Камо Дикранович Айрапетян.